مجله روش شناسی علوم انسانی، مراحل گوناگونی را سپری نموده است تا به این مرحله رسیده است.برای معرفی آن عینا  نوشته پژوهشگاه حوزه و دانشگاه در زیرنقل شده است:

دفتر همکاری حوزه و دانشگاه در سال1361 تأسیس شد. برای آشنایی بیشتر با این دفتر و روند توسعه آن به پژوهشگاه حوزه و دانشگاه به اینجا مراجعه کنید. در سال 1373 مسئولان پژوهشگاه به این نتیجه رسیدند که برای ترویج افکار و اندیشه‌­های مورد نظر خود در جامعه علمی و دینی باید بستر جدیدی را فراهم آوردند. برنامه‌ریزی و راه­‌اندازی فصلنامه حوزه و دانشگاه محصول تأملات مسئولان پژوهشگاه در آن سال‌ها بود.

سردبیران فصلنامه حوزه و دانشگاه از آغاز تا کنون عبارتند از:

 حجه الاسلام سید عباس نبوی؛ از زمستان 1373 تا بهار 1374؛ شماره‌­های 1-2 فصلنامه حوزه و دانشگاه

حجه الاسلام دکتر سعید عدالت نژاد؛ از تابستان 1374 تا تابستان 1377؛ شماره‌­های 3 - 15

حجه الاسلام دکتر سید هادی عربی؛ از پاییز 1377 تا زمستان 1387؛ شماره‌­های 16 – 21

حجه الاسلام دکتر حسین شریفی نیا؛ از بهار 79 تا تابستان 83 ؛ شماره های 22 - 39

آقای سید محمد تقی موحد ابطحی؛ از پاییز 83 تا پاییز 86 ؛ شماره های شماره 40  _  52

حجه الاسلام دکتر سید حمید رضا حسنی؛ از زمستان 86 تا تابستان 87 ؛ شماره های شماره 53 _ 55 با همکاری آقای سیدمحمدتقی موحدابطحی به عنوان جانشین سردبیر

آقای دکتر محمد تقی ایمان؛ از پاییز 87 تا زمستان 89؛  شماره‌های 65 – 56 با همکاری آقای سیدمحمدتقی موحدابطحی به عنوان جانشین سردبیر

آقای دکتر محمد تقی ایمان؛ از بهار 90 تا زمستان 92، شماره‌های 66 – 77 با همکاری آقای دکتر سیدحمیدرضا حسنی به عنوان جانشین سردبیر

آقای دکتر محمد تقی ایمان؛ از بهار 93 تا کنون؛ شماره­‌های 78 تا 81؛ با همکاری آقای سیدمحمدتقی موحدابطحی به عنوان جانشین سردبیر

در نیمه اول دهه 70 فصلنامه حوزه و دانشگاه، از معدود نشریاتی بود که با مشارکت حوزویان و دانشگاهیان تدوین می­شد و به بررسی مناسبات علوم انسانی و معارف اسلامی می­‌پرداخت.

در سال‌های اولیه راه‌­اندازی فصلنامه حوزه و دانشگاه، این فصلنامه در قطع رحلی منتشر می‌­شد و دربردارنده بخش­‌های مختلفی همچون مقاله تألیفی، مصاحبه، ترجمه­، معرفی و نقد کتب و مقالات در حوزه علوم انسانی اسلامی بود.

با آغاز سردبیری حجه الاسلام دکتر سید هادی عربی (اولین عضو هیئت علمی پژوهشگاه حوزه و دانشگاه در گروه اقتصاد) به منظور پیوستن فصلنامه حوزه و دانشگاه به جرگه نشریات علمی پژوهشی، اساسنامه‌­ای برای این فصلنامه تدوین می­‌گردد؛ هیئت تحریریه فصلنامه مطابق شروط وزارت علوم شکل می­‌گیرد؛ به لحاظ محتوایی تلاش می­شود شرایط برای اخذ مجوز علمی پژوهشی فراهم گردد؛ قطع فصلنامه نیز از رحلی به وزیری تغییر می­‌کند.

در دوره سردبیری حجه الاسلام دکتر حسین شریفی­نیا؛ عضو هیئت علمی گروه روان­شناسی پژوهشگاه حوزه و دانشگاه؛ تلاش‌ها برای اخذ مجوز علمی پژوهشی فصلنامه حوزه و دانشگاه دنبال می­‌شود. به منظور تخصصی کردن حوزه فعالیت فصلنامه از شماره «(24- 25) ویژه نامه معقولیت و نسبی‌گرایی»  این سیاست در فصلنامه دنبال می­‌شود که در هر شماره به یکی از رشته­‌های علوم انسانی به تناسب گروه­‌های پژوهشی پژوهشگاه حوزه و دانشگاه پرداخته شود. ویژه­نامه­‌های علوم تربیتی، علوم سیاسی، روان‌شناسی و ... محصول این سیاست هستند.

با سردبیری آقای سید محمد تقی موحد ابطحی؛ عضو گروه فلسفه علوم انسانی پژوهشگاه حوزه و دانشگاه سیاست اخذ مجوز علمی پژوهشی دنبال می‌­شود و به منظور تأمین شروط کمیسیون بررسی نشریات علمی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، در سال 1385 حوزه جدیدی برای فعالیت فصلنامه حوزه و دانشگاه پیشنهاد می­‌شود. در انتخاب این حوزه چندین ملاحظه وجود داشت: 1. حوزه­‌ای که مورد نیاز جامعه علمی باشد. 2. هیچ نشریه‌­ای متولی آن حوزه نباشد، 3. در راستای رسالت پژوهشگاه باشد تا بتواند از همکاری گروه‌­های پژوهشی پژوهشگاه برخوردار باشد.

فلسفه و روش­شناسی علوم انسانی و مبانی فلسفی و روشی تولید علوم انسانی دینی و بومی حوزه جدیدی بود که برای فعالیت فصلنامه حوزه و دانشگاه در نظر گرفته شد. سپس نام این فصلنامه به فصلنامه روش­شناسی علوم انسانی تغییر یافت. اعضاء هیئت تحریریه مناسب با حوزه جدید فعالیت فصلنامه نیز انتخاب شدند و از آقای دکتر محمد تقی ایمان، استاد دانشگاه علوم اجتماعی دانشگاه شیراز که فعالیت­‌های گسترده­‌ای در زمینه روش­شناسی و پارادایم‌­های علوم انسانی داشتند، به عنوان سردبیر دعوت به همکاری شد.

با تلاش­‌هایی که در این دوره انجام شد، سرانجام مجوز علمی پژوهشی فصلنامه در تاریخ  5/11/1387 از سوی کمیسیون نشریات علمی وزارت علوم صادر گردید.

در زمستان 1388 فصلنامه روش­شناسی علوم انسانی به روز شد، به گونه­‌ای که شماره زمستان سال 1388 در دی ماه آماده نشر گردید. ضریب تأثیر فصلنامه روش­شناسی علوم انسانی در این سال 0.122 بود.

در سال1390 حجه الاسلام دکتر سید حمید رضا حسنی، مدیر گروه فلسفه علوم انسانی، به عنوان جانشین سردبیر فصلنامه علمی پژوهشی روش­شناسی علوم انسانی انتخاب شدند. با برنامه ریزی­‌ها و تلاش‌های ایشان و کارشناس فصلنامه، نشر الکترونیک و بروز فصلنامه آغاز شد و ضریب تأثیر فصلنامه رشد چشمگیری یافت و به عدد 0.262رسید.

همچنین در سال 1391 فصلنامه روش­شناسی علوم انسانی به عنوان نشریه برتر در جشنواره فارابی معرفی گردید.

تدوین ویژه نامه­‌های فلسفه تکنولوژی (شماره 73، زمستان 1391)، علوم انسانی پیچیده (شماره 76، پاییز 92) از تلاش­‌های حجه الاسلام دکتر حسنی در دوره مسئولیت­شان بود.

در سال 1393 مجددا آقای سید محمد تقی موحد ابطحی، به عنوان جانشین سردبیر فصلنامه معرفی شدند. برنامه ریزی برای تسریع در فرایند داوری مقالات، افزایش ضریب تأثیر فصلنامه و بین المللی کردن این فصلنامه از برنامه­‌های ایشان در دور جدید مسئولیت­شان است.

امید است با عنایات الهی و با همراهی اساتید و پژوهشگران حوزوی و دانشگاهی در این دوره نیز گام دیگری جهت ارتقاء جایگاه این فصلنامه در جامعه علمی برداشته شود.